论文查重系统与学术期刊合作的第一步是建立合作关系。学术期刊可以选择合作的查重系统，双方签订合作协议，明确合作内容和方式。第二步是提交论文。作者在投稿时可以选择使用查重系统进行查重，确保稿件原创性。第三步是查重结果解读。作者和编辑可以查看查重报告，了解相似度和重复部分，进行必要的修改和调整。第四步是提交最终稿件。作者在完成修改后，再次提交最终稿件给学术期刊。第五步是期刊审稿。学术期刊编辑会对稿件进行审稿，包括内容评估和查重结果参考。第六步是发表文章。经过审核通过后，稿件将被发表在学术期刊上。

论文查重系统与学术期刊合作是学术界常见的合作方式，有助于提高学术研究的质量和透明度。合作的步骤包括建立合作关系、提交论文、查重结果解读、提交最终稿件、期刊审稿和发表文章。通过与查重系统合作，学术期刊可以更好地保障学术研究的原创性和质量，作者也能及时了解论文的相似度情况，提高投稿成功率。在合作过程中，双方需保持沟通和合作，共同促进学术研究的发展。